东胜神州的傲来国花果山的一块巨石孕育出了一只明灵石猴（六小龄童 饰），石猴后来拜须菩提为师后习得了七十二变，具有了通天本领，于是占山为王，自称齐天大圣。玉帝派太上老君下凡招安大圣上了天庭，后来大圣因为嫌玉帝赐封的官职太低，大闹天宫，被太白金星困于炼丹炉内四十九天后，大圣踢翻炼丹炉，炼成了金睛火眼。如来佛祖见局势不可收拾，于是将大圣镇压于五指山下。一晃眼五百年过去了，唐僧被观世音菩萨选为西去取经普渡众生的人，大圣受观音指引，拜唐僧为师，师徒二人踏上了取经的路途。

五百年前，由石猴变化而成的齐天大圣孙悟空（张磊 配音）大闹天宫，最终被如来佛祖镇压在了五行山下。此去经年，长安城内突然遭到山妖洗劫，童男童女哭声连连，命悬一线。危机时刻，自幼被行脚僧法明（吴文伦 配音）抚养长大的江流儿（林子杰 配音）救下了一个小女孩，结果反遭山妖追杀。经过一番追逐，江流儿无意中解除了孙悟空的封印，齐天大圣自然好好地将山妖教训了一番。因为封印未解开，悟空不得不护送江流儿和小女孩回长安，一路上又遭遇了猪八戒和白龙马。　　与此同时，妖王（童自荣 配音）绝不甘心失败，他躲在暗中，等待着给孙悟空一

混沌初开之时，世上的第一只妖降世，名元蒂，被奉为妖祖。千百万年后，昔日妖王孙悟空被唐僧从五行山下救出，孙悟空答应保护唐僧，前往西天取经。而传说中的妖祖元蒂再次现世，三界岌岌可危。两代妖王注定终极一战，但这次，孙悟空遇上了真正的劲敌。

明朝嘉靖年间，江苏淮安山阳县被嫡小吏吴悦携子前往花果山云台寺，与故交普因和尚交谈企盼儿子吴承恩能够读书做官、荣宗耀祖。然而，读书过目不忘、极具天赋的吴承恩，却喜欢上了花果山水帘洞里那些活蹦乱跳的猴子，想象着自己也能像猴子们一样自由自在、天马行空、无所不能。