《少年锦衣卫 第一季》为第00集至第13集，第一季首集《00 序章》为2016年12月29日上线。《少年锦衣卫 第二季》为第14集至第27集，第二季首集《14 序章》为2017年9月28日上线。大明初起，明太祖朱元璋设锦衣卫亲军指挥使司，后分设南北镇抚司，稽查百官，权势煊赫。锦衣卫沿袭百年，南北镇抚司势如水火，相争不下。朝堂党争激烈，江湖盗匪猖獗，盛世繁华之下，却隐藏着汹涌暗流……

龙元国，薛宁，薛家排行老二，小时候被绑架成了傻子，被薛家逐出家谱，与楚家大小姐有婚约。如今傻子觉醒，疯狂打脸看不起自己的人，倒霉赘婿逆袭，赢得美人心。

进京面圣的使节突然被人刺杀，三司竟然迟迟抓不到凶手，引得龙颜盛怒。御史武梓杉奉命调查，却意外得知此案和同居好友的过去有关……平静的朝堂之下暗流涌动，一桩又一桩的奇案竟然接踵而至，而所有案件，竟然都和使节被杀有所牵连……